学校研究生教育始于2000年。自2000年起，我校与华南理工大学、华南农业大学、广东工业大学、华南师范大学、广州大学、湖南大学、湖南师范大学、河南大学、江西农业大学、新疆大学、喀什大学、内蒙古农业大学等31所省内外高校联合培养硕士研究生。至今，我校已联合培养硕士研究生370多人。

2024年9月，国务院学位委员会批准我校为硕士学位授予单位，获农业、机械2个硕士专业学位类别授权点，2025年开始招生。

  学校现有硕士研究生导师86人，行业导师116人。与广东省农业科学院作物研究所、广东韶钢松山股份有限公司、中软国际（广州）信息技术有限公司等36家企事业单位共建硕士研究生联合培养基地（科技小院）。